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実機の白サターン＋プロアクションリプレイ2でコードを試してみたところ、ブースターとメガブースターのコードを入れても起動するのですが
サイコフレーム、バイオセンサー、マグネットコーティングの運動性のコードを入れるとゲームが起動しませんでした。
ブースターに関してもまだ手に入っていないので反映されていない可能性もあります（こちらは実際に手に入れて反映されていなかったら追記します）。
武器に関してもコードで変更すると起動できるものとできないものがあります。

すみません自己解決できました。
どうやら一度に適用できるコードの数に制限があるらしく、それをオーバーするとゲームが起動できないようでした。
他のコードを削ってパーツのコードを入れた所、ゲームが起動できコードも適用されました。